E' un'alternativa alla depurazione convenzionale, attraverso elementi naturali non inquinanti e senza impatto ambientale. Il sistema prevede lo smaltimento delle acque nere attraverso un'area, adeguatamente progettata, che si integra nel paesaggio, in quanto composta fuori terra da essenze vegetali.

Il fitodepuratore  è un sistema dove le acque reflue, che hanno subito un trattamento primario in una camera di decantazione, vengono depurate in vasche riempite con ghiaia di diverse dimensioni e strati (progettati), pietrisco e terra che costituiscono il substrato per piante acquatiche e palustri. la funzione delle piante è duplice in quanto le loro radici rendono il substrato permeabile e forniscono una parte dell'ossigeno necessario alla decomposizione batterica della materia organica. Il substrato funge da filtro meccanico e chimico, le particelle argillose fissano anche i fosfati. Nel caso del fitodepuratore sull'isola Polvese , che serve circa 80-90 persone, l'ingombro necessario è un'area di circa due campi da tennis divisi l'uno dall'altro, in quanto lavorano in parallelo. Dall'esterno si vedono delle canne di lago che sembra crescano spontaneamente. le vasche sono profonde appena 50 cm, e non c'è traccia di maleodori o di eventuale pericolo se qualche malcapitato si avventura a visitarlo all'interno. Troverà terriccio e canne di lago per un'altezza pari al suo ginocchio. 

Il fitodepuratore è composto da una camera di decantazione (imhoff), una vasca idoneamente progettata, un pozzetto di ispezione e un serbatoio per la raccolta delle acque che possono essere riusate per l'innaffiamento della vegetazione condominiale, per campi sportivi, ecc...Altrimenti se si è in prossimità di un corso d'acqua, le acque possono essere smaltite senza provocare nessun tipo di inquinamento, in quanto le acque che provengono dal fitodepuratore sono biologicamente pure.

Non si fa uso di cemento : il fitodepuratore è in sostanza una piscina adeguatamente isolata dal terreno con materiali naturali e non si fa uso  di cemento.

Vantaggi economici: il complesso residenziale (sportivo, industriale ecc...) che decide di far uso della fitodepurazione, ha costi inferiori rispetto alla costruzione di un depuratore convenzionale,  inoltre non richiede dell'allaccio in fogna, diminuendo il carico di smaltimento per il Comune di appartenenza, e ottenendo uno sgravio di tassazione in quanto non necessita di una parte di urbanizzazione. La fitodepurazione è finanziata da leggi della Comunità Europea.

Impatto ambientale: se non si ha cognizione di cosa sia, il fitodepuratore sembra un campetto di canne, o un laghetto di ninfee o se architettonicamente curato oltre alla sua funzionalità, può diventare una sistemazione a verde con laghetti e ruscelli con la doppia funzione estetica e altamente funzionale.

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